Ich habe eine Lösung für mein Problem gefunden.
Das Standardtemplate send_order habe ich folgendermaßen angepasst.
{if $order_data.payment_code=='xt_prepayment'}Standardtemplate{/if}
{if $order_data.payment_code=='xt_paypal'}für Paypal angepasstes Template{/if}
lg daniel